John Colter meldete sich am 15. Oktober 1803 in Maysville als Gefreiter für die Expedition von Meriwether Lewis und William Clark quer durch die heutigen Vereinigte Staaten Amerika. Die Expeditionsteilnehmer wurden nach harten Kriterien ausgewählt: Sie mussten gute Jäger sein, stämmige, gesunde und unverheiratete Männer, die an die Wälder gewöhnt waren und die körperliche Strapazen erdulden konnten. Bis zu dem Start am 14.05 1804 wurden die Teilnehmer in der Nähe von St. Louis, das sie in dem Dezember 1803 erreichten, auf die Reise vorbereitet. Colter sollte nie mehr nach Virginia zurückkehren.

Im Vorbereitungscamp erhielten John Colter und drei seiner Kollegen, John Boley , Peter M. Weiser und John Robertson , Ausgehverbot für zehn Tage, weil sie die Jagd auf die "Nachbarschaft eines Whiskey-Shops" zentriert hatten.

Die Reise fand zu einem guten Teil auf dem Flussweg statt. Colter stand unter dem Kommando von Sergeant John Ordway , der das größte Schiff führte.

Rasch tat sich Colter als hervorragender Jäger hervor. Während seiner Streiftouren durch die Wälder begegnete er Indianern verschiedenster Stämme: Lakota, Mandan, Gros Ventre, Menominee , Nez Percé . Einmal überraschte er drei Flathead -Indianer, die zwei Shoshone verfolgten, weil diese ihnen 23 Pferde geraubt hatten. Colter konnte einen der Flat Head überreden, ihnen als Führer zu dienen. Der bisherige indianische Führer, ebenfalls ein Shoshone, kehrte gerne nach Hause zurück, da sie sich nun in fremden Territorium bewegten.

Colter leistete weiter unermüdlichen Einsatz. Er verfügte über eine ausgezeichnete Kondition. Er und George Drouillard waren die einzigen, die Tag für Tag zur Jagd auszogen. Colters Name erschien nie auf der Kranken-Liste. Seine Leistung wurde durch geehrt, indem ein Bach, der bisher als Potlatch Creek bekannt war, in Colter's Creek umbenannt wurde.

Auf dem Rückweg der Expedition setzte er sich nach Süden ab, um eine Handelsverbindung mit den Indianern aufzubauen. Zu Fuß drang er bis zu den Geysiren des Yellowstone-Gebietes vor. 1810 kehrte er in die Zivilisation zurück und erntete für seine Geschichten ca. Unglaube.

Noch heute bekannt ist die nach ihm benannte Colter's Hell .

John Colter starb auf einer Farm in Missouri an Gelbsucht.

Um ihn rankten sich die wildesten Geschichten, die ihn zur lebendigen Legende werden ließen. Noch heute ist unklar, inwieweit die Geschichten tatsächlichen Gegebenheiten entsprachen.

• Burton Harris: John Colter - His Years in the Rockies, Charles Scribner's Sons, New York (1952) (engl.)